Как и в предыдущих играх, Вы вольны сами выбирать порядок, в котором Вы будете сражаться с восемью боссами. Победив каждого из них, Вы завладеваете остающимся после него оружием. Правда, в данной версии Вам сначала нужно делать выбор между четырьмя боссами, побеждать их по одному, а потом уже сражаться с остальными. Несколько оживилась сюжетная линия игры (раньше многие считали ее скучной). Злобный доктор Уайли (Dr. Wily) получил возможность управлять гигантским таинственным роботом. MegaMan, как всегда, должен остановить его. По дороге он встречается с другим роботом - неизвестно, другом или врагом. А вот у доктора Уайли, помимо гигантского робота, есть еще группа роботов-мастеров, и вот с ними-то Вам и предстоит по очереди сражаться. Надо сказать, это весьма необычная и пестрая компания.