В конце первой части игры синдикату EuroCorp удалось уничтожить всех своих соперников, и фактически заполучить мировое господство. Но ничто не вечно, и теперь на пути у, казалось бы, непобедимого синдиката, встает новая религиозная секта, называющая себя Church of the New Epoch High Disciple.
Битва между мегакорпорацией, отвыкшей от всякой конкуренции, и жестко организованной, но относительно малочисленной сектой захлестывает весь мир.
Стратегических элементов по сравнению с первой частью осталось крайне мало. К примеру, использование наркотиков, так элегантно реализованое в первой части, в Syndicate Wars было упрощено до предела, оставив всего лишь одну полоску, отвечающую за использование успокаивающих, или наоборот, возбуждающих, веществ. О боеприпасах беспокоится больше не приходится, они бесконечны для всех видов вооружения.
Игра использует трехмерный графический движок, хотя все люди по прежнему остаются спрайтовыми.