Лучше предварительно остановить закачку, а затем возобновить, тогда этой проблемы не будет. Ещё лучше качать
J-Downloader, т.к даже если и будет ошибка, то при возобновлении закачки файла докачается как положено. Тем кто много качает с разных хостингов в обязательном порядке установить и пользоваться этой программой, лучшего просто нет. Программа довольно требовательна к ресурсам, работает на Java, но эффект изумительный.