Ключевые различия с первоначальной версией игры становятся ясны с самого начала. Именно поэтому, поклонники ужаса выживания либо сразу отшатнутся в ужасе, либо примут игру как новшество. В то время как Dino Crisis являлась хорошо рассказанной прямолинейной историей, продолжение более эпизодично по своему содержанию. Игра разделена на серии небольших сценок, внутри которых разворачивается общая сюжетная линия, благодаря последовательности отдельных стадий, охватывающих пять локальных участков. По мере исследования этих местностей и появления на сцене необходимых динозавров, система экранного подсчета очков будет давать вам дополнительные очки за каждую рептилию, которой вам удастся нанести ущерб.
Группа спецназа высаживается на небольшом тропическом острове Айбис с задачей найти и доставить доктора Кирка, талантливейшего учёного в области физики высоких энергий. Однако в результате его экспериментов с т. н. «третьей энергией» произошёл сдвиг во времени, в результате которого на остров проникли древние ящеры - динозавры. Таким образом вполне заурядное задание плавно переходит в битву за выживание.
