Действие игры начинается сразу же после того, как космическая колония под названием Eurasia врезалась в Землю, и историю эту хорошо знают те, кто успел ознакомиться с игрой Mega Man X5. Но теперь суперроботу X предстоит исследовать утечку кошмарного вируса Nightmare Virus и, конечно же, горевать по поводу смерти своего единственного друга Зеро (Zero), пожертвовавшего ради него своей собственной жизнью.
Действие игры начинается сразу же после того, как космическая колония под названием Eurasia врезалась в Землю, и историю эту хорошо знают те, кто успел ознакомиться с игрой Mega Man X5. Но теперь суперроботу X предстоит исследовать утечку кошмарного вируса Nightmare Virus и, конечно же, горевать по поводу смерти своего единственного друга Зеро (Zero), пожертвовавшего ради него своей собственной жизнью.